Команда футбольного клуба "Жемчужина" была создана в 1991 году. Первым учредителем ФК была гостиница "Жемчужина". От сюда и пошло название футбольного клуба. Также  команда представляла городскую администрацию Сочи и спортивный футбольный клуб. Первые выступления клуба проходили в любительской футбольной лиге.

В 1991 году команда играет во второй низшей лиге чемпионата СРСР и берет участие в кубке РСФСР. За кубок СССР команда "Жемчужины" не играла. С 1992 года "Жемчужина" принимает участие в чемпионате Российской Федерации. С 1992 по 2000 год команда играет в первом дивизионе. В период с 1993 - 1999 команда играет в высшем дивизионе. С 2001 года по 2003 и 2008 ФК "Жемчужина" играет во втором дивизионе. Команда ФК "Жемчужина" достигла больших успехов при руководстве Арсена Найдёнова. ФК "Жемчужину" расформировали в 2003 году.

В 2007 году футбольный клуб возродился, с новыми игроками и руководством. В том же году клуб меняет название на "Жемчужина-Сочи". В период своего существования (1991-2010), футбольный клуб сменил девять тренеров. И старые свои окна зала на окна калева. В 2009 году под руководством Олега Василенко ФК "Жемчужина-Сочи" выходит в первый дивизион, тем самым обеспечив себе победу еще задолго до конца первенства.