Два футбольных клуба «Родина» и «Новатор», игравшие в роли любителей и сражавшихся в мачтах, которые определяют первенство Подмосковья и города, объединились в 1996 году. В результате этого слияния появился новый футбольный клуб «Химки». Его основателем был Юрий Кораблин, который также являлся и его президентом. Владимир Штапов тренером, который первый начал работать с этой командой.

В своем первом сезоне игр клуб играл матчи в КФК, и в самом начале одержал победу в турнире «Центр (Подмосковье А)». В финальных соревнованиях КФК сражались самые перспективные футбольные клубы разных зон. ФК «Химки» также смог выиграть этот турнир. В связи с этой победой команда участвовала в третьей лиге.

В 1997 году наступил новый сезон игр, где «Химки» выиграли второе место третьей зоны, которая объединяла Подмосковные клубы и команды Москвы. Благодаря своей победе «Химки» вышли во 2-ю лигу.

Время шло, на дворе был уже 2000 год, и у команды поменялся тренер. Этот человек был в прошлом очень знаменитым, так как был отличным полузащитником ФК «Спартак». Его имя Виктор Папаев. Именно благодаря его работе и тренировкам  команда вышла в первый дивизион. Но также за это можно поблагодарить и команду «Северсталь», так как именно они отказались сражаться в первом дивизионе. А если бы этого не было, то «Химки» не прошли бы!  Играя в первом дивизионе, команда была практически на грани, из-за многочисленных изменений в командующем составе, менялись как тренера, так и руководство. И так продолжалось до 2004 года, пока Павел Яковенко не стал новым тренером. Вместе с ним в клубе появился Владимир Стрельченко, который стал новым президентом «Химок». В клубе стали играть знаменитые футболисты и вот их имена: Георгий Ломая, Александр Данишевский, Виталий Гришин, Павел Погребняк, Андрей Тихонов, Владимир Бесчастных, Роман Березовский, Юрий Дроздов. Можно сказать, что новое руководство с умом взялись за клуб и подняли его с колен! Правда в новом сезоне, проходившем в 2005 году «Химки» отдали победу ЦСКА. Игра была накаляющей и серьёзной. В конце этого сезона, когда до финиша оставалось всего 2 тура, «Химки» поняли, что играть в высшей лиге, скорее всего, им не предстоит.

Один из соинвесторов ФК Андрей Червиченко, перестал быть вице-президентом клуба. Вместе с ним ушло много человек. Это был и тренер Яковенко, и большая часть игроков. Это повлекло замену практически всего численного состава на новых игроков. После прихода нового тренера Владимира Казачёнка, в 2006 году, ФК «Химки» выиграли краснодарскую команду «Кубань» и стали победителями чемпионата России в первом дивизионе. Благодаря этому они вышли в Премьер-лигу. Главный тренер Владимир Александрович Казаченок был сражен болезнью («гипертонический криз»), из-за чего пост тренера пришлось оставить. Это случилось, как раз перед матчем 13-го тура с санкт-петербургским «Зенитом».

Официально отставка тренера была принята 5 сентября 2007 года. «Химки», а точнее генеральный директор клуба Михаил Щеглов подписал  контракт с тренером из Сербии на 2,5 года. Его звали Славолюбом Муслиным, он также работал с московским «Локомотивом». Это произошло в 2007 году 8 сентября. В ноябре этого же года играли «дома» с «Крыльями Советов», командой из Самары. Победив их со счетом 4:1, «Химки» обеспечили себе девятое место в чемпионате РФ. В следующем 2008 году в апреле месяце, Муслин бы отстранен из-за плохих показателей чемпионата России. На его место пришел Сергей Юран. И уже в ноябре 16-го числа, «Химки» одержали победу со счетом 1:2 над командой «Спартак-Нальчик», игра проходила на выезде. Благодаря этой победе ФК заняли 14-е место в турнирной таблице, и прошил в Премьер-лиге 2009 года. Дальше, в декабре, власти Московской области приняли решение и объединили с «Химками»  футбольный клуб «Сатурн» Раменское, из-за плохого финансового обеспечения команд.

«На дворе» был глобальный финансовый и экономически кризис! Но, несмотря на это «Химкам»  известили о том, что они могут выступать в низшем дивизионе или в премьер-лиге. Правительство Московской области, которое являлось основным спонсором, нашли 300 000 000 рублей, для того, чтобы ФК играл в Премьер-лиге. 15 декабря 2008 г. Новым тренером стал Константин Сарсания, контракт с ним был 2-х годичный. Но он был отстранен из-за плохих показателей команды 19 сентября 2009. В этом же году, в очередном сезоне «Химки» смогли выиграть лишь в тринадцатом туре. Игра проходила «дома», на поле «Сатурна» Раменское. Счет 1:0. Голы видео матча можно посмотреть на Ютубе. И спустя еще 2 тура, ФК «Амкар» потерпел поражение от ФК «Химки» (счет 2:0).

Но после крупного поражения от московского «Спартака», которое произошло 24 октября 2009 вылет из Премьер-лиги для «Химок» был неминуем!